遭受校园暴力的女高中生真子，在图书馆发现了一本有关忍者的儿童书《雷风刃》，这本书成了她唯一的心灵安慰她的面前出现了书中的忍者西洛和尤亚，带着真子穿越到了江户时代。在伊贺的世界里通过传说中的忍者才藏的指南，真子开始了忍者修行，而《雷风刃》中的反派原田堪助出现在了现实世界。